GAP en la escuela, al igual que el programa para la oficina, pretende disminuir el impacto que generan las actividades escolares en aspectos relativos al consumo de agua y energía, la gestión de los residuos o el uso del transporte en que los niños y niñas acudan al centro escolar.
La implantación del programa, además de la mejora de las condiciones ambientales, supone también su utilización como recurso pedagógico en las actividades curriculares del centro.
Como en el caso de las oficinas, su aplicación comienza con la creación de un "Equipo de Acción Medioambiental" que será el encargado de llevar adelante las acciones, desde las mediciones de la situación de partida hasta la dinamización de todo el proceso. En este Equipo deben integrarse todos los agentes que intervienen en el Centro, desde los escolares y sus padres y madres hasta el personal auxiliar necesario para el funcionamiento cotidiano (limpieza, cocina...).
Todo el proceso se realiza con la asistencia técnica de GAP, que incluye la formación y comunicación personalizada así como la elaboración de materiales específicos de apoyo a las acciones planteadas.